مسجد شیخ مظهر سقز با معماری كاملا سنتی و بومی كردستانات در اوایل دوره قاجاریه توسط چند نفر اهالی محلی بنا گردیده. این مسجد به شكل مربع و با ارتفاعی مشرف به محلات مجاور در بهترین نقطه ممكن و در مركز بافت قدیمی شهر سقز احداث گردیده. استفاده از چوب، سنگ و آجر به عنوان مهمترین عناصر معماری در ساختمان این گونه مساجد به بهترین شكل و شیوه ممكن صورت گرفته است. بطوری كه همواره از این روش بنا ساختن، با كمترین هزینه و بهترین بهره برداری مساجدی احداث می شدند، كه از نظر فن معماری به بهترین وجه ممكن از آنها بهره جسته می شد. از لحاظ معماری بیرونی، ساختمان مسجد شیخ مظهر سقز دارای سه نما است كه این یكی از ویژگی ها و آراستگی های مسجد به شمار می رود. نمای اصلی مسجد كه ایوان و محرابی تابستانی در پیشانی آن واقع شده، ضلع درب اصلی مسجد كه مشرف به كوچه همجوار و وضوخانه است و در مقابل آن بالكنی آفتاب گیر واقع شده. و ضلع دیگر مسجد كه مشرف به كوچه ای دیگر است و در آن ساختمان خادم مسجد و اقامتگاه طلبه های دینی در آن واقع شده. كل معماری مسجد از هنر آجر تراشی و چوب بهره می برد. اما ارتفاع بلند و معظم ایوان تابستانی تا سطح زمین بوسیله سنگ چینی مستحكم و ضخیم بنا شده كه بار اصلی برپا شدن مسجد بر روی این سنگ چین قرار داده شده است. به دلیل اینكه این مسجد همانند اغلب خانه های این منطقه بر سطحی شیب دار ایجاد شده است. معماران آن برای اینكه بتوانند مسجد را بر روی سطحی مسطح بنا كنند مجبور بوده اند در جلوی مسجد سكویی از سنگهای لاشه با ارتفاع در حدود ۴ تا ۵/۴ متر بنا نمایند و سپس مسجد را بر روی این سكوی سنگی بنا كنند. ایوان تابستانی مسجد دقیقی بر روی این سكو سنگ چین ساخته شده است . ابعاد این ایوان ۸۰/۴در ۱۶ متر می باشد كه با شبستان اصلی مسجد دارای بامی در این سطح است. این ایوان در ضلع غربی همانند خود مسجد در مجزایی دارد .در مجاورت سنگ چین ها تعدادی مغازه به قدمت عمر مسجد قرار گرفته، كه این نگاه سازنده بنا را برای حفظ استقلال مالی مسجد بیان می كند، و یكی از و یژگی های ارزنده مسجد شیخ مظهر به شمار می رود. شبستان مسجد دقیقا در ضلع شرقی یك دالان قرار دارد كه از طریق درگاه جداگانه می توان به آن راه یافت. ابعاد این شبستان ۱۰ در ۱۲ متر است. سقف این شبستان با ارتفاع ۲ متر و ۸۰ سانت، همانند بیشتر مساجد محلی مناطق كردنشین بر روی چهار ستون چوبی تقریبا مدور با سر ستونهای چوبی تكیه داده است. قطر ستونهای این بنا در حدود ۳۵ سانتی متر است ، كه بر پایه ی ستونهای سنگی با همین قطر قرار دارند. در ضلع جنوبی این شبستان و قبل از هر چیزی محراب مسجد جلب توجه می كند. این محراب بافت قدیمی خود را كه همان طاق هلالی باشد حفظ كرده است. البته به دلیل اینكه در سال ۱۳۷۸ همه ی مسجد گچ كاری مجدد شد تغییراتی در تزئینات و مشخصه های آن به وجود آمد به طوری كه امروزه فقط محرابی هلالی مشاهده می شود كه بر بالای آن بسم ا…الرحمن الرحیم با گچ قالب گیری شده است. در ضلع جنوبی شبستان علاوه بر محراب دو راه ارتباطی دیگر كه دقیقا شكل محراب را دارند برای راه یافتن به ایوان تابستانی جلوی مسجد تعبیه شده است. از ایوان تابستانی تقریبا تمام شهر با چشم اندازی دل نواز مشاهده می شود. قطر دیوارهای این مسجد حدود یك متر و ۳۰ سانتی متر است كه در ضلع جنوبی و داخل محراب به وضوح می توان آن را مشاهده كرد. راز استحكام و پایداری بنا از دوره ی قاجاریه تا كنون بدون تردید همین ضخامت و ستبری دیوارهای آن است. در ضلع شرقی شبستان تعدادی طاقچه با اندازه های متفاوت قرار گرفته است كه برای نگه داری مصحف ها و وسایل دیگر مربوط به مسجد استفاده می شود. در ضلع غربی مسجد علاوه بر دالان ارتباطی به شبستان اصلی مسجد دو اتاق دیگر نیز وجود دارد كه در ادوار پیشین محل درس خواندن طلاب بوده است.