كلیسای نیكاغایوس مربوط به دوره صفوی است و در اصفهان، جلفا، محله قاراكل، كوچه خواجه عابد واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۰ خرداد ۱۳۸۲ با شمارهٔ ثبت ۹۰۷۱ به‌عنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
كلیسای نیكوغایوس مقدس واقع در محلهٔ قاراگل در۱۶۳۰م بنا شده است. كلیسا با پلانی مستطیل شكل در جهت شرقی ـ غربی قرار گرفته و سقف و گنبد آن بر ستون های پهن متصل به دیوارهای جانبی تكیه كرده است. این ستون ها فضای داخلی كلیسا را به سه بخش مرتبط با یكدیگر تقسیم كرده اند. گنبد اصلی كلیسا با هشت نورگیر در بالای بخش میانی قرار گرفته. ناقوس خانه نیز در بخش غربی و بر روی سقف بنا واقع شده. در بخش شرقی نیز محراب با دو اتاقك چهارگوش در دو سوی آن قرار گرفته است.
مصالح به كار رفته در ساختمان عبارت اند از خشت و آجر. دیوارهای داخلی بنا با گچ پوشانده و در برخی قسمت ها با خطوط هندسی تزیین شده اند. در سمت شمال شرقی كلیسا، نمازخانهٔ استپانوس مقدس واقع شده كه در۱۷۷۴م ساخته شده است. در حیاط كلیسا نیز قبر خواجه میناس قرار دارد كه به دستور نادرشاه كشته شد.
