در روزگار صفوی محل عبادت صوفیان و جایگاه «خلیفه الخلفا» قطب و پیشوای صوفیان صفوی بود كه به عنوان یك مكان مقدس، گاه عدالت‌خواهان در آن بست می‌نشستند و هیچ كس حق نداشت با سلاح وارد آن شود. در سال‌های حكومت قاجار، دیگر این محل یك مكان مقدس و امن به حساب نمی‌آمد و در دوران پهلوی با یك اقدام نسنجیده گنبد توحیدخانه تبدیل به زندان گردید و در قسمتی از زمین‌های توحیدخانه ساختمان‌هایی برای شهربانی احداث گردید.این سازه هم اكنون در میان صحن دانشكده معماری دانشگاه هنر اصفهان قرار دارد.