این كلیسا در جنوب خیابان خواجه نظر و در محلهٔ هاكوپجان قرار گرفته و در۱۶۱۴م بنا شده. پـلان كـلیـسای استـپانوس مـقـدس، كـه بـزرگ تـریـن كلیسای اصفهان است، با ابعاد ۱۷ x34متر به سبك بازیلیك ستون دار در جهت شرقی ـ غربی قرار گرفته. گـنـبـد كـلیسـا، كـه دارای هـشت نورگیر است، به وسیلهٔ قوس هایی به چهار ستون بنا و دیوارهای جانبی تكیه دارد و دو گنبد كوچك قوسی شكل نیز در دو طرف گنبد اصلی قرار گرفته اند.
محراب كلیسا در قسمت شرقی بنا دارای دو اتاقك چهارگوش در دو سمت آن و یك گنبد قوسی شكل كوچك است. مصالح به كار رفته در ساختمان عبارت اند از خشت و آجر. دیوارهای داخلی با گچ پوشانده شده اند و نقاشی های دیواری بسیار كمی دارند اما چلیپاسنگ هایی در دیوارهای داخلی و خارجی كلیسا نصب شده است. برج ناقوس خانه در قسمت شمال شرقی كلیسا و بر روی سقف آن قرار دارد. در امتداد دیوار شمالی بنا هم ستون هایی با مصالح آجر و خشت ساخته شده كه با قوس هایی به یكدیگر و به دیوار كلیسا متصل اند. در حیاط جنوبی كلیسا نیز نمازخانه كوچكی به نام مریم مقدس قرار دارد.
