كلیسای فنایی مربوط به سدهٔ ۷ و ۸ ه. ق. است و در خوی، حومه شهر واقع شده و این اثر در تاریخ ۲۵ اسفند ۱۳۷۹ با شمارهٔ ثبت ۳۳۸۰ به‌عنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. این كلیسا در حومه شهرستان خوی در روستایی به همین نام و در میان خانه های روستایی قرار دارد . این بنا از قلوه سنگ و سنگ لاشه ساخته شده و قوس های جناقی آن از آجر و پوشش های گنبد آن سنگی است و محرابی به طرف شرق دارد . این كلیسا از نظر معماری و نقوش ترسیمی در محراب با بنای كلیسای مهلذان هم خوانی دارد و تعلق آن را به دوره صفویه تایید می كند . این نقوش كه در اندود گچ به كار رفته است عمدتا نقوش اسلیمی گل و بوته است . طرفین محراب نیز دارای مقرنس كاری زیبایی است . این كلیسا توسط هیأت ایتالیایی در ردیف آثار متعلق به قرن ۱۸ میلادی معرفی شده تصرفات انجام شده در بنای كلیسا كه ضمن انجام فعالیتهای پژوهشی و مرمتی در كلیسا بچشم می‌خورد یك مورد حفاری غیرمجاز در جلوی محراب كلیسا و همچنین تخریب سنگهای ساختمان كلیسا توسط مردم محل بوده است.
