كلیسای ملهذان مربوط به دوره صفوی است و در شهرستان خوی، روستای ملهذان واقع شده و این اثر در تاریخ ۲ شهریور ۱۳۷۸ با شمارهٔ ثبت ۲۳۸۹ بهعنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.