كلیسای یوحنا مربوط به دوره صفوی است و در اصفهان، جلفا، خیابان خاقانی، كوچه چهارسو واقع شده و این اثر در تاریخ ۱۰ خرداد ۱۳۸۲ با شمارهٔ ثبت ۹۰۷۷ بهعنوان یكی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است. این بنا در سال ۱۶۲۱ میلادی ساخته شده است.